Voy contigo requecarmen,
Sobre llegar a la estación desde el aeropuerto tienes el autobús 5 que vale 1,1€, es lo más barato y rápido. Te dejará en la estación de autobuses que está a 200 metros de la de tren

Yo no sacaría abono ya que ese tiempo no da para visitar las islas cercanas y encontrarás todo en el centro. Lo único que haría en vaporetto sería recorrer el gran canal.
En dos días no te pierdas el Palacio Ducal, la Basílica de San Marcos, sube al Campanile y si os gusta el arte, visita también la Academia o la Scuola de San Rocco. Yo no reservaría las entradas, creo que bastará con no ir a horas puntas.
Como iglesias, la del Frari es la más recomendable.
Con eso y pasear seguro que quedas tranquila.
Pásalo bien!